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BuSCA n°67 - 1 juillet 2022
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Éditorial
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Parmi les diverses études sur des dangers microbiologiques et chimiques présentées dans ce BuSCA, à noter une revue sur les performances des méthodes de séquençage haut débit pour caractériser les norovirus. Bonne lecture !
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Étude
France, virus de l’hépatite E, porcs
L’ARN du virus de l’hépatite E (VHE) a été recherché dans 1 197 échantillons de foies de porcs prélevés dans deux abattoirs en Corse entre 2017 et 2021. Une faible occurrence a été mise en évidence (0,18 %) dans les foies de porcs adultes (de plus de 12 mois), malgré une forte circulation du VHE dans les élevages porcins corses, qui sont de type extensif (séroprévalence égale à 88 %). Lien
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Étude
Italie, Listeria monocytogenes, charcuterie (mortadelle)
Une étude revient sur un cas de listériose survenu chez une femme enceinte, en Italie, en 2020. L’enquête épidémiologique et des analyses par WGS ont permis de relier l’infection à la consommation de mortadelle. Les souches isolées dans les échantillons alimentaires et chez son nouveau-né présentaient neuf à onze différences alléliques, ce qui est légèrement au-delà du seuil (sept allèles) assignant les souches à un même sous-type. Les auteurs suggèrent que ces écarts pourraient être dus aux différents temps d’isolement et à une évolution plus rapide des souches cliniques par rapport aux souches alimentaires. Lien
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Étude
Europe, norovirus, méthodes
Une étude a évalué la sensibilité, la reproductibilité, la répétabilité et la sélectivité de trois méthodes de séquençage haut débit (métabarcodage, métagénomique, séquençage de longs fragments) pour caractériser les norovirus dans des échantillons de mollusques bivalves. Le métabarcodage, qui consiste à séquencer des amplicons (produits de PCR) de gènes spécifiques, a été la méthode la plus sensible pour la caractérisation des norovirus. Lien
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Étude
Tunisie, Campylobacter, poulet
Une étude a montré la présence de Campylobacter dans 18,7 % (n = 48/257) d’échantillons de carcasses de poulets prélevés en abattoirs et en magasins, en Tunisie en 2017 et 2018. La majorité des souches de Campylobacter (69 %) était des C. jejuni, suivies de C. coli (31 %). Une résistance à la ciprofloxacine et à l'acide nalidixique a été retrouvée respectivement pour 60 % et 88 % des souches de C. jejuni et pour 87 % et 80 % des C. coli. Lien
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Étude
Brésil, Salmonella Heidelberg, poulet
Une étude a caractérisé les gènes de résistance aux antibiotiques par séquençage de 81 génomes de Salmonella Heidelberg isolées en 2015 et 2016 dans les élevages de poulets de chair, pendant le transport, à l’abattoir et sur les marchés de plusieurs régions du Brésil. Les gènes de résistance fosA7, aac6-Iaa, sul2, tet(A), gyrA et parC étaient présents dans toutes les souches, tandis que blaCMY-2 a été identifié dans 89 % des isolats. Le nombre total des gènes de résistance n’a pas varié significativement d’une région à une autre ni entre les stades de prélèvements. Lien
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Étude
Monde, bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques, aliments
Une méta-analyse a montré que la prévalence mondiale des bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques isolées d’aliments était de 10 %. La résistance aux béta-lactamines était la plus fréquente, notamment chez Bacillus cereus. La proportion globale des bactéries capables de former des biofilms a été estimée à 90 %, avec une forte variabilité selon les études. Cependant aucune relation directe entre la capacité de formation de biofilms et la résistance aux antibiotiques des bactéries pathogènes n’a été établie. Lien
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